ในสมัยรัชกาลที่ ๕ ทรงให้ขุดคลองแยกจากแม่น้ำเพชรบุรี ตรงวัดปากคลอง ผ่านวัดเขาตะเครา ออกปากอ่าวที่ตำบลบางตะบูนในปัจจุบัน เมื่อชาวบ้านลงมือขุดคลองบริเวณวัดปากคลองถึงวัดเขาตะเครา ได้พบครกหินเป็นจำนวนาก ชาวบ้านจึงเรียกหมู่บ้านนี้ว่า "บ้านบางครก" ตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา
เดิมทีองค์การบริหารส่วนตำบลบางครกเป็นสภาตำบลบางครก และได้รับการยกฐานะขึ้นเป็นองค์การบริหารส่วนตำบลบางครก ตามประกาศกระทรวงมหาดไทย เรื่อง จัดตั้งองค์การบริหารส่วนตำบล เมื่อวันที่ ๒๓ เดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๔๐ ซึ่งได้ลงประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับประกาศทั่วไป องค์การบริหารส่วนตำบลบางครกจึงจัดตั้งขึ้น ณ วันที่ ๒๓ เดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ.๒๕๔๐ นับเนื่องมาจนถึงปัจจุบัน